W kompleksie Nova Prospekt Gordon szuka doktora Elia Vance’a. Ponownie dołącza do niego Alyx. Obydwoje odnajdują doktora Vance’a oraz Judith Mossman, która okazuje się szpiegiem Kombinatu. Mossman odwraca uwagę bohaterów i teleportuje siebie oraz Elia do Cytadeli, podczas gdy Gordon i Alyx przenoszą się do laboratorium doktora Kleinera. Przegrzany teleporter doprowadza do wielkiej eksplozji, a Alyx i Gordon pojawiają się w żądanym miejscu, tylko, że o ponad tydzień później. Podczas tygodnia ich nieobecności eksplozja zostaje przyjęta za znak do rozpoczęcia powstania przeciwko Kombinatowi. Opór przybrał na sile do tego stopnia, ze Miasto 17 przemieniło się w regularną strefę walk. Gordon prowadzi buntowników na Cytadelę, by uwolnić doktora Vance’a, podczas gdy Alyx pomaga w ucieczce z laboratorium doktorowi Kleinerowi. Alyx dołącza na chwilę do Gordona, pomagając mu w walce w okolicach wyłączanego przez siły oporu generatora. Później jest jednak pojmana przez siły Kombinatu. Freeman dołącza do Barneya, po czym wyłącza „uciszacz” blokujący dostępu do Cytadeli, likwidując przy tym pewną ilość striderów.