Gordon przenika do Cytadeli przez podziemne przejście. Wszystkie jego bronie, oprócz działa grawitacyjnego, ulegają zniszczeniu w komorze konfiskacyjnej. Z powodu awarii komory działo grawitacyjne ulega wzmocnieniu. Bohater gry wchodzi do urządzenia przypominającego kontener, które przenosi go na spotkanie twarzą w twarz z doktorem Breenem, przy którym znaleźć można również doktor Mossman. Breen przywołuje kontenery, w których uwięzieni są doktor Vance oraz Alyx. Podczas konfrontacji, Breen rzuca stwierdzenie, że usługi Freemana są dostępne „dla tego, kto zapłaci najwięcej”. Gdy grozi śmiercią dwójce pozostałych uwięzionych postaci, występuje przeciwko niemu doktor Mossman. Breenowi udaje się uciec do termojądrowego reaktora ciemnej energii na szczycie Cytadeli, skąd chce teleportować się jak najdalej od Ziemi. Gordon ściga go razem z Alyx i niszczy reaktor – zarówno by uniemożliwić Breenowi ucieczkę, jak też, by odciąć zasilanie Cytadeli. Wywołuje to wielką eksplozję, której ofiarami może stać się zarówno Gordon, jak i Alyx. Jednak w momencie eksplozji reaktora, czas zatrzymuje swój bieg. Na scenie wydarzeń pojawia się G-Man, komentując udane poczynania Gordona Freemana i ponownie przenosząc go w stan „zawieszenia”. Gra kończy się w taki sam sposób, w jaki się zaczęła – w ciemności.