Sezon 2009 Tsonga 2009 rok zainaugurował występem w Brisbane, gdzie w singlu doszedł do ćwierćfinału, a w deblu zdobył tytuł w parze z Marcem Gicquelem. Francuzi w finale pokonali 6:4, 6:3 duet Fernando Verdasco–Mischa Zverev. W Sydney osiągnął kolejny ćwierćfinał, który poddał walkowerem Jarkko Nieminenowi z powodu problemów z plecami. Uraz ten nie przeszkodził Tsondze w udziale na Australian Open, gdzie awansował do ćwierćfinału, po wcześniejszym wyeliminowaniu m.in. w 4 rundzie Jamesa Blake’a. Pojedynek, którego stawką był półfinał przegrał z Fernandem Verdasco.
Po turniejach w Australii Tsonga, na początku lutego, wystartował w Johannesburgu odnosząc końcowy triumf. Zawody zakończył bez straty seta, a w finale okazał się lepszym od Jérémy’ego Chardy’ego, kończąc mecz wynikiem 6:4, 7:6(5). Potem Tsonga powrócił do Europy na halowe turnieje, w Rotterdamie docierając do ćwierćfinału, a w Marsylii po raz drugi w sezonie zdobył tytuł mistrzowski. W półfinale francuskich rozgrywek po raz 4 z rzędu pokonał Novaka Đokovicia (nr 3. w rankingu ATP), a w finale rezultatem 7:5, 7:6(3) Michaëla Llodrę. Przez pierwsze 2 miesiące sezonu 2009 Tsonga odniósł 19 zwycięstw przy 3 porażkach.