Dostał się do niewoli niemieckiej pod Horyńcem-Zdrojem, ale uciekł z transportu na stacji kolejowej w Rzeszowie. Zamieszkał w Gorlicach w domu teściów podając się za nauczyciela.
W 1940 r. wszedł w skład kadry kierowniczej ZWZ, a w 1941 r. został Komendantem Obwodu Gorlickiego Armii Krajowej pod pseudonimem „Kruk”. Pracował w tym czasie w Biurze Aprowizacyjnym Zarządu Miejskiego. Tworzył partyzanckie oddziały, które gromadziły broń, organizowały pomoc dla ludności, prowadziły dywersję i akcje propagandowe. Gdy po zdradzie został zdekonspirowany Dowództwo Okręgu Krakowskiego AK skierowało go do objęcia funkcji Komendanta Obwodu Limanowskiego Armii Krajowej. Dowodzenie przejął pod ps. „Filip” we wrześniu 1943 r. Został też równocześnie dowódcą II batalionu 1 pułku Strzelców Podhalańskich AK.
Partyzantem AK była również jego żona Barbara – ps. „Wiesława”. Komendant „Filip”, wewnętrzny pseudonim „Szczepan”, w opracowaniach powojennych jest charakteryzowany jako oficer o wielkim poczuciu odpowiedzialności odważny, ale i rozważny. Walcząc z okupantem wykazywał bardzo dużą aktywność, podejmował profesjonalne wojenne decyzje i utrzymywał wysoki poziom bojowy i moralny partyzanckich oddziałów. Nigdy nie narażał jednak niepotrzebnie cywilnej ludności, ani partyzantów.