W czasie swych pierwszych rządów Koirala podjął kroki w kierunku zreformowania systemu edukacyjnego, służby zdrowia i krajowych mediów.
W listopadzie 1994 zmuszony był ustąpić ze stanowiska, gdy przegrał głosowanie w parlamencie nad kluczowym dla swego gabinetu wnioskiem.
Premier 1998-1999 W kwietniu 1998 ponownie zasiadł w fotelu szefa rządu, po załamaniu się dotychczasowej koalicji rządzącej. Koirala utworzył nową koalicję, składającą się z jego Kongresu Nepalskiego, Komunistycznej Partii Nepalu (ZML) i partii Sadhbhavana. Na czele gabinetu stał do maja 1999.
Premier 2000-2001 Trzeci raz Koirala zaczął sprawować funkcję premiera w marcu 2000, gdy dotychczasowy szef rządu został odwołany z funkcji przez parlament. W tym czasie w Nepalu trwała wojna domowa z maoistowską partyzantką. Pod adresem rządu pojawiły się również zarzuty korupcji. Koirali zarzucano brak działań na rzecz przywrócenia pokoju i opanowania sytuacji w kraju. Krytyka bierności premiera nasiliła się dodatkowo po masakrze w pałacu królewskim. W takiej sytuacji, premier zmuszony był ustąpić ze stanowiska w lipcu 2001.