Premier 2006-2008 Po przywróceniu działania nepalskiego Zgromadzenia Narodowego w 2006, Koirala 30 kwietnia 2006 został wybrany ponownie na urząd premiera i stworzył rząd koalicyjny siedmiu partii. W czasie pierwszych miesięcy swoich rządów borykał się z własnymi problemami zdrowotnymi. Wyjechał na leczenie do Bangkoku, a w lipcu 2006 znalazł się w nepalskim szpitalu.
W listopadzie 2006 podpisał porozumienie z maoistowską Komunistyczną Partią Nepalu (Maoiści), które kończyło trwającą kilka lat wojnę domową. Na mocy porozumienia w Nepalu miała zostać przyjęta nowa tymczasowa konstytucja, maoiści mieli wejść w skład rządu oraz rozwiązać swoje bojówki wojskowe, a 20 czerwca 2007 miały odbyć się demokratyczne wybory. Wybory zostały ostatecznie przeniesione na kwiecień 2008. 15 stycznia 2007 Zgromadzenie Narodowe, wybrane w 1999, przekształciło się w Tymczasowy Parlament, w skład którego obok dotychczasowych deputowanych weszli przedstawiciele partii maoistowskiej. Tego samego dnia Tymczasowy Parlament przyjął tymczasową konstytucję, na mocy której Prasad Koirala objął funkcję Tymczasowej Głowy Państwa.