W XVI w. nastąpił znaczący regres wydobycia. W miarę wyczerpywania się złóż, konieczne było sięganie coraz dalej w głąb ziemi, co znacząco podnosiło koszty produkcji i obniżało zarobki górników. Dochodziło wśród nich do coraz częstszych wzburzeń i protestów. W latach 1525–1526 wybuchło tu pierwsze wielkie powstanie górników, które rozszerzyło się także na inne ośrodki górnicze na Węgrzech. Do tego doszło zagrożenie tureckie: Turcy, po zajęciu w 1541 r. Budy, skierowali swą uwagę właśnie na bogate miasta górnicze. Przyniosło to miastu znaczne wydatki, związane z budową kolejnych obiektów miejskich fortyfikacji. Bezpośrednie zagrożenie trwało prawie do końca wieku i ustało dopiero po odebraniu Turkom Nowogrodu.
thumb|245 px|Luigi F. Marsigli: Zakłady górniczo-hutnicze w Bańskiej Szczawnicy, 1726 Górnictwo w Bańskiej Szczawnicy odżyło dopiero w XVII w. i od tego czasu przez ponad dwa stulecia znów przodowało w rozwoju techniki. W 1627 r. w sztolni Górnej Bieber po raz pierwszy zastosowano proch do prowadzenia prac strzelniczych w podziemiach kopalń. Dla celów górniczych w całej okolicy wybudowano znaczącą sieć sztucznych zbiorników wodnych, zwanych tu z niemiecka „tajchami”, oraz kanałów doprowadzających wodę do napędu pomp, odwadniających poszczególne sztolnie.