Po ujawnieniu ateizmu Kazimierza Łyszczyńskiego domagał się dla niego kary śmierciWiesław Mercik, Bez płaszcza z gronostajów. Kraków 1988, s. 80..
Mimo uzyskania od króla najwyższej godności senatorskiej, jego stosunki z monarchą nie poprawiły się. Uzyskawszy od władcy najwyższe godności, nowy prymas związał się z opozycją. Był jednym z uczestników spisku antykrólewskiego wykrytego przez władcę w 1688. Omal nie utraciwszy wszystkiego, działał od tej chwili ostrożnie. Początkowo pojednał się nawet z królem, ale szybko okazało się, że jest to tylko z jego strony gra. Widząc słabnące zdrowie monarchy, Radziejowski rozpoczął przygotowania do zbliżającego się bezkrólewia. Nie występował otwarcie przeciw królowi i popierał niektóre jego przedsięwzięcia polityczne, jak choćby wznowienie współpracy z Ligą Świętą na początku lat 90., ale do pełnego wznowienia jego współpracy z królem nie doszło.