W 1994 została burmistrzem Reykjavíku. Zajmowała to stanowisko do 2003, sprawując władzę w koalicji z różnymi ugrupowaniami, uzyskując reelekcję w wyniku wyborów lokalnych w 1998 i 2002. W międzyczasie ze swoją partią dołączyła do utworzonego w 2000 Sojuszu. Ustąpiła w 2003, pozostając w lokalnym samorządzie. W 2005 została przewodniczącą Sojuszu, pokonując dotychczasowego lidera partii Össura Skarphéðinssona. Od 2005 do 2009 ponownie sprawowała mandat deputowanej do Althingu.
24 maja 2007, po zawiązaniu przez Sojusz i Partię Niepodległości po wyborach parlamentarnych koalicji, została ministrem spraw zagranicznych w nowym gabinecie premiera Geira Haardego. 26 stycznia 2009 na tle kryzysu gospodarczego i poważnych protestów społecznych doszło do rozwiązania koalicji oraz dymisji gabinetu. 27 stycznia prezydent Ólafur Ragnar Grímsson powierzył misję stworzenia nowego gabinetu Sojuszowi, a Ingibjörg Sólrún Gísladóttir wyznaczyła wówczas Jóhannę Sigurðardóttir do objęcia stanowiska premiera. 1 lutego 2009 Jóhanna Sigurðardóttir została mianowana premierem, a w marcu tego samego roku została nową przewodniczącą Sojuszu.
Po odejściu z bieżącej polityki związana z ONZ Kobiety, pełniła tam m.in. funkcję regionalnego dyrektora tej organizacji.