W 1932 roku powstała pierwsza linia budowana przez miasto, a tym samym powstało jeszcze jedno przedsiębiorstwo zajmujące się metrem w Nowym Jorku: Independent Subway System (IND). W 1953 roku powstał The New York City Transit Authority, który przejął zarząd nad całą komunikacją w mieście, w tym nad metrem. Od tej pory był tylko jeden właściciel metra, dzięki czemu łatwiej jest nim podróżować (np. wcześniej nie można było przechodzić pomiędzy stacjami różnych właścicieli nie wychodząc na powierzchnię). W 1968 r. nad The New York City Transit Authority przejął zarząd Metropolitan Transportation Authority (MTA) i zarządza metrem do dzisiaj.
Rekordy 23 września 2014 pobity został rekord – od kiedy prowadzone są dobowe statystyki (1985) – dziennego przewozu pasażerów, który wyniósł ponad 6 mln pasażerów. We wrześniu 2014 z szybkiej kolei miejskiej w Nowym Jorku skorzystało blisko 150 mln ludzi, był to najwyższy wynik od ponad 60 lat.