W tym samym roku podjął szkolenie w zakresie psychoanalizy u Richarda Hulbecka, który w owym czasie był czołowym analitykiem w Instytucie Karen Horney. W trakcie praktyki terapeutycznej zaczął oceniać skuteczność swoich oddziaływań. Szybko doszedł do wniosku, że psychoanaliza nie ma żadnego potwierdzenia w praktyce, czemu dał wyraz w artykule „Telepatia i Psychoanaliza: krytyka dotychczasowych odkryć”Ellis, A. (1947). Telepathy and psychoanalysis: A critique of recent findings..
Praktyka seksuologiczna Oprócz prywatnej praktyki, Albert Ellis pracował jako psycholog stanu New Jersey, a od 1950 roku został kierownikiem wszystkich psychologów stanowych. W 1952 roku zrezygnował z tego stanowiska, ze względu na rosnącą popularność jaką dawały mu wydane książki na temat seksualności. Albert Ellis został okrzyknięty adwokatem wolności seksualnej, co wpłynęło na odrzucenie jego kandydatury jako wykładowcy zarówno na City University of New York, jak i Columbia University. W 1951 roku Ellis został redaktorem International Journal of Sexology na łamach którego publikował swoje artykuły dotyczące liberalizacji życia seksualnego. Jego praca w gabinecie seksuologicznym opierała się przede wszystkim o techniki psychoanalityczne.