Zniszczoną przez działania wojenne kolejkę uruchomiono w lipcu 1948 i wznowiono przeprawę promową.

Zniszczenie i odbudowa kolei W czasie II wojny światowej koleją przewożono więźniów do obozu Stutthof. W 1945 zbliżający się front spowodował budowę linii Sztutowo – Krynica Morska – Piaski – Alttief, którą ewakuowano ludność i wojsko.

Po zalaniu Żuław 2/3 kolei znalazło się pod wodą, w tym warsztaty w Lisewie i Nowym Dworze Gd.

Odbudową kolei zajmował się Zarząd Gdańskich Kolei Wąskotorowych utworzony w Nowym Stawie przez DOKP w Gdańsku. Sukcesywnie oddawano kolejne odcinki do ruchu. Przejściowo przebudowano odcinek Nowy Staw – Nowy Dwór Gdański z 1435 mm na 750 mm. W 1948 długość czynnych torów na Gdańskich Kolejach Wąskotorowych wynosiła 197 km, a trzy lata później już 295 kilometrów.

Kolej w czasach socjalizmu W latach 40. i 50. na kolei dojazdowej panował bardzo intensywny ruch pociągów, a prom parowy na Wiśle pracował przez całą dobę na „pełnych obrotach”. Jednak brak należytej konserwacji i różne meandry biurokracji doprowadziły do tego, że ponad 50-letni prom trzeba było w 1955/1956 wycofać z eksploatacji.