Od tego czasu nie istniała już przeprawa taboru przez Przekop Wisły a pasażerowie korzystali z promu drogowego „Wisła” oddalonego 300 m od stacyjek Prawy Brzeg Wisły i Lewy Brzeg Wisły.
W końcu lat sześćdziesiątych rozpoczął się okres likwidacji sieci kolei wąskotorowej na Żuławach. W latach 1967–68 likwidacji uległ odcinek Malbork – Jasna (Świetliki), a w roku 1969 rozebrano linię Jeziernik – Żuławki.
Wiosną 1965 obsługę większości pociągów pasażerskich przejęły wagony motorowe zbudowane w warsztatach w Lisewie i kolejka zaczęła być częściej używana. Ówczesna polityka transportowa spowodowała zawieszenie w 1971 kursowania pociągów na odcinkach Koszwały – Lewy Brzeg Wisły i Prawy Brzeg Wisły – Stegna, a w 1974 zlikwidowano całą lewobrzeżną część sieci. Likwidacji uległa również infrastruktura (stacja, warsztaty i parowozownia Gdańsk Wąskotorowy) a tabor przekazano na prawobrzeżną część kolei.
Na prawym brzegu z myślą o turystach, na odcinku Prawy Brzeg Wisły – Sztutowo uruchomiono w czerwcu 1978 roku specjalny pociąg o szumnej nazwie „Jantar Express”. Mimo to, począwszy od końca lat 80.