XX w., rozpoczął się proces stopniowego zawieszania przez PKP ruchu pasażerskiego na kolejnych liniach Gdańskich Kolei Dojazdowych: 1 września 1988 na linii Lisewo – Pogorzała Wieś – Kałdowo, 1 października 1992 na linii Kałdowo – Lipinka – Nowy Dwór Gdański, na jesieni 1995 na odcinku Lisewo – Nowy Dwór Gdański.
Pod koniec lat 90. pozostałości kolejki wąskotorowej na lewej stronie Wisły zostały rozkradzione lub rozebrane, a tabor przeznaczono na złom. Ostatnie ślady gdańskiej wąskotorówki można jeszcze zobaczyć na mostach w Przegalinie, koło Cedr Małych i nad Opływem Motławy w Gdańsku.
8 września 1996 roku zawieszono ruch pasażerskich na pozostałych czynnych liniach GKD, tj. Prawy Brzeg Wisły - Sztutowo i Stegna - Nowy Dwór Gdański. Pociągi towarowe kursowały jeszcze podczas kampanii cukrowniczej 1996/97 dla Cukrowni Nowy Staw. 30.11.1996 r. odbył się pożegnalny przejazd wagonem motorowym MBxd2. Niedługo potem rozpoczął się proces likwidacji fizycznej i administracyjnej GKD.