Ostatecznie sojusz mazowiecko-czeski nie przetrwał próby czasu. 11 października 1294 zmarł książę czerski Konrad II, starszy brat Bolesława, zostawiając właśnie jemu całość swojego dziedzictwa. Wzmocniony w ten sposób książę zerwał poprawne dotąd stosunki z Czechami i związał się ponownie z Łokietkiem.
Nieprzyjazna polityka względem Czech ściągnęła w 1300 na Mazowsze wyprawę Wacława, która jednak poza zniszczeniem okolic Płocka nie zmusiła Bolesława do kolejnej zmiany kursu politycznego. Świadczyć o tym może fakt nieuznania koronacji Wacława II na króla Polski oraz odesłanie Kunegundy do Pragi.
22 lipca 1302 odnotowano wstąpienie Kunegundy do benedyktynek klasztoru Św. Jerzego na zamku praskim, zatem tuż przed tą datą musiała ona opuścić męża. 19 września 1302 osiągnęła w tymże klasztorze godność opatki, którą piastowała do śmierci.
Kunegunda sporządziła 19 listopada 1321 testament, a zmarła 27 listopada 1321 i została pochowana w klasztorze w którym spędziła swoje ostatnie lata życia.
Z małżeństwa Bolesława Mazowieckiego i Kunegundy Czeskiej pochodziło dwoje dzieci:
Wacław (ok. 1293–1336), (książę płocki od 1313 r.) Eufrozyna (1292–1328/1329), żona Władysława I, księcia oświęcimskiego