Po śmierci gen. Sikorskiego kpt. Jerzy Niezbrzycki i mjr Tadeusz Nowiński wysunęli przeciw szeregowi podkomendnych Żychonia zarzuty z pogranicza współpracy z Abwehrą. Przeciw Żychoniowi powtórzono wysuwane jeszcze przed wojną oskarżenia o uleganie niemieckim inspiracjom m.in. w sprawie rotmistrza Jerzego Sosnowskiego, a nawet działalność na rzecz Abwehry (w tym w związku z pozostawionymi w Warszawie aktami ekspozytury). Sąd wojskowy Polskich Sił Zbrojnych nie zakwestionował przedstawionych zarzutów, ograniczając się do funkcji rozjemcy. W konsekwencji w połowie lutego 1944 r. Jan Żychoń zrezygnował ze stanowiskaPułkownik Michał Rybikowski, któremu zaproponowano w 1944 stanowisko szefa Referatu Zachód, sprawdziwszy, jaka panuje tam sytuacja – odrzucił propozycję objęcia stanowiska po majorze Żychoniu.. Następnie zgłosił się do służby liniowej, gdzie mianowany został zastępcą dowódcy 13 Wileńskiego Batalionu Strzelców „Rysiów”. Zmarł 18 maja 1944 r., w wyniku odniesionych ran poprzedniego dnia, w bitwie o Monte Cassino. Został pochowany na Polskim Cmentarzu Wojennym na Monte Cassino (taras VIII, sektor E, nr 3;