W 1940 Nadżib otrzymał kolejny awans. Podczas uroczystości odmówił ucałowania ręki króla Faruka I, ograniczając się jedynie do podania królowi ręki. Gdy 4 lutego 1942 Brytyjczycy zmusili siłą króla Faruka do ustępstw, oburzony Nadżib wystosował list protestacyjny: „skoro armia nie została wezwana do obrony Waszej Królewskiej Mości, wstydzę się nosić ten mundur i proszę o pozwolenie na rezygnację.” Król odrzucił tę prośbę i w czerwcu 1944 awansował go na pułkownika. W 1948 został generałem brygady.
W 1948 Nadżib wziął udział w I wojnie izraelsko-arabskiej. Po wojnie Nadżib objął dowództwo Szkoły Oficerskiej w Kairze. Zdawał on sobie sprawę z licznych braków egispkiej armii. Jednocześnie w Egipcie przebywała grupa izraelskich jeńców wojennych, którzy mieli duże trudności w porozumiewaniu się. Z tego powodu w 1950 Nadżib rozpoczął naukę hebrajskiego na Akademii Wojskowej w Kairze i na Uniwersytecie w Aleksandrii.
W 1949 przystąpił do Ruchu Wolnych Oficerów. Była to grupa młodych oficerów, działających w ukryciu, którzy planowali obalić monarchię w Egipcie.