9 grudnia 1950 został awansowany na stopień generała majora.
Pucz i prezydentura mały|Prezydent Egiptu Muhammad Naguib odwiedza Haima Nahuma Effendiego, naczelnego rabina Egiptu, w synagodze Sha'ar Hashamayim w Kairze (1953) 23 lipca 1952 Ruch Wolnych Oficerów przeprowadził wojskowy zamach stanu i zmusił króla Faruka I do abdykacji na rzecz swego małoletniego syna Fuada II. Nadżib stał na czele Ruchu Wolnych Oficerów, nadając mu legitymizację w oczach społeczeństwa, polityków i armii. Z tego powodu został mianowany głównodowodzącym egipskiej armii.
W dniu 17 września Nadżib został premierem Egiptu i członkiem Królewskiej Rady Regencyjnej, pełniąc jednocześnie obowiązki ministra spraw wewnętrznych. 18 czerwca 1953, prawie jedenaście miesięcy od początku egipskiej rewolucji, Nadżib ogłosił koniec monarchii Egiptu i Sudanu, i utworzenie Republiki Egiptu. Równocześnie Muhammad Nadżib został pierwszym prezydentem Egiptu, zachowując funkcję premiera.