By w pełni oddać akustyczny klimat, podczas nagrywania partii perkusji, Kinney, prócz używania standardowych pałek, w niektórych momentach korzystał ze specjalnych szczotek, stosowanych w bluesie i swingu, uzyskując efekt cichszego i delikatniejszego uderzenia. Nad zestawem zamontowano mikrofony AKG C414, przy tom-tomach i bębnie basowym ustawiono AKG D-12 oraz Sennheiser MD 421, nad werblem Shure SM57, a poniżej Sennheiser MD 441. Charakterystyczne synkopowane otwarcie partii perkusji w „No Excuses” uzyskano w wyniku improwizacji. Kinney odgrywał technikę polegającą na uderzaniu w obręcz werbla. Wright – który nie był zwolennikiem jej stosowania – przyznawał: „Ostatecznie zdecydowaliśmy się zlikwidować niektóre bongosy i mniejsze bębny usytuowane przy hi-hatcie, dzięki czemu włączyliśmy je do tego rytmu”.
Podobnie jak w przypadku Sap (1992); ; ., tak i na Jar of Flies zespół zaprosił gości do współpracy. W charakterze sesyjnym zagrali: April Acevez i Matthew Weiss na altówce oraz Justine Foy i Rebecca Clemons-Smith na wiolonczeli w „I Stay Away” i „Whale & Wasp”. David Atkinson, przyjaciel Chrisa Cornella, zarejestrował partie harmonijki ustnej w „Don’t Follow”.