Wszystkie teksty Staley pisał w trakcie sesji w studiu, po czym nagrywał wokale prowadzące i harmonie przy użyciu mikrofonu Neumann M-49. Proces rejestracji śpiewu przebiegał sprawnie; ścieżki nagrywano za pierwszym lub drugim podejściem. Cantrell nagrał wokal prowadzący w utworze „Don’t Follow”. Wright określał styl śpiewu gitarzysty jako „wspaniały”, wyróżniając przy tym doskonałą harmonię ze Staleyem. Sesja zakończyła się 14 września. Od 17 do 22 września Wright pracował nad procesem miksowania w Scream Studio w Los Angeles w stanie Kalifornia. Muzycy mieli jeszcze jeden bądź dwa gotowe utwory, lecz były one cięższe i bardziej „elektryczne”, przez co zdecydowali się zachować je na następny album studyjny.
Analiza Muzyka thumb|Na Jar of Flies gra Cantrella była bardziej delikatna i powściągliwa, przypominając twórczość R.E.M. Paul Gallotta z magazynu „Circus” oceniał, że Jar of Flies, mimo iż jest równie mroczny jak Facelift (1990) i Dirt (1992), to reprezentuje stylistyczny zwrot. Utwory na minialbumie zbudowane są wokół czystego, akustycznego oraz elektrycznego grania rytmicznego z ekspresyjnym, nieco funkowym zastosowaniem efektu wah-wah przez Cantrella. Na Jar of Flies dominuje otwarte strojenie w tonacjach durowych.