W latach 1961–1976 był kierownikiem sekcji kajakarskiej i trenerem w Olsztyńskim Klubie Sportowym (później Stomilu Olsztyn). Łącznie wychował około 150 medalistów mistrzostw Polski, mistrzostw Europy, mistrzostw świata. Do jego najbardziej znanych podopiecznych należą Wacław Sklinsmont, Kazimierz Nikin (wicemistrz świata na 10 000 m, 1975), Andrzej Gronowicz (wicemistrz olimpijski z Montrealu, 1976 na 500 m w kanadyjkach dwójkach). Poza pracą trenerską był również sędzią klasy związkowej.
W latach 1977–1979 pracował w Wojewódzkiej Federacji Sportu w Białymstoku jako szef wyszkolenia, następnie powrócił do Olsztyna i krótko był kierownikiem organizacyjnym oraz kierownikiem wyszkolenia Wojewódzkiego Zespołu Metodyczno-Szkoleniowego. Pod koniec 1979 przeszedł na emeryturę. Nie zaprzestał działalności w sporcie – doprowadził do powstania Wojewódzkiego Klubu Olimpijczyka, a w 1988 Olsztyńskiego Muzeum Sportu (uroczyste otwarcie 12 maja 1989), mieszczącego się początkowo w siedzibie klubu Stomil Olsztyn, a od 2004 w hali widowiskowo-sportowej „Urania” (przy okazji zmiany siedziby nazwę placówki zmieniono na Muzeum Sportu w Olsztynie). Marian Rapacki był wieloletnim kierownikiem muzeum (do 2000), udało mu się zgromadzić dokumentację i liczne eksponaty związane przede wszystkim z powojennym sportem na Warmii i Mazurach.