W 1813 na osobistą prośbę ks. Józefa Poniatowskiego, został zwolniony z obowiązków profesora UJ i przeniesiony do służby wojskowej. Był lekarzem dywizyjnym a następnie awansował na naczelnego urzędnika zdrowia przy ambulansach 5 Korpusu Wojska Polskiego. Przeszedł na żołd francuski i biorąc udział w bitwie pod Lipskiem dostał się 19 października 1813 do niewoli rosyjskiej gdzie przebywał do końca roku – pełnił funkcję szefa lazaretów rosyjskich. Powrócił do Krakowa i ponownie objął stanowisko profesora UJ.
18 lutego 1815 rozkazem naczelnego wodza Wojska Polskiego ks. Konstantego został powołany na szefa Wydziału Lekarskiego w Komisji Rządowej Wojny i naczelnego lekarza Wojska Polskiego. Funkcje te pełnił do 3 lutego 1831. W 1817 podjął dodatkowo pracę w Królewskim Uniwersytecie Warszawskim, gdzie mianowany profesorem katedry anatomii Wydziału Lekarskiego pracował do 1820. Po wybuchu powstania listopadowego został skierowany do Szpitala Wojskowego na Ujazdowie a następnie nowy naczelny lekarz WP, prof. Karol Kaczkowski, powierzył Stummerowi zarząd szpitali wojskowych.