Zapadalność ocenia się na 2,6–13,9 na 100 000 dzieci, a chorobowość 64–113,4/100 000. Dane badaczy z USA wskazują na zapadalność 2–20/100 000. Płeć żeńska dominuje nad męską w stosunku 1,5–2:1Cassidy JT, Petty RE, eds. Textbook of pediatric rheumatology, 5th edn. Philadelphia: WB Saunders, 2005, Rozdział=Cassidy JT, Petty RE. Juvenile idiopathic arthritis. s=291–303..
Etiopatogeneza MIZS to przeważnie choroba autoimmunologiczna. Oznacza to, że układ odpornościowy zaczyna zwalczać swoje własne komórki (w tym wypadku: komórki w stawach) z bliżej niewyjaśnionego powodu. Obecnie sądzi się, że do rozwoju MIZS dochodzi u osób z podatnością genetyczną, narażonych na niekorzystne czynniki środowiskowe.
Proces zapalny o przewlekłym przebiegu, pierwotnie w błonie maziowej stawów, a następnie też w okolicznych strukturach (tkanki okołostawowe, przyczepy ścięgien i mięśni, pochewki ścięgniste, nasady kostne), doprowadza do uszkodzenia chrząstki stawowej, nasad kostnych, może także powodować powikłania pozastawowe.
Prowadzone są intensywne badania w kierunku poznania przyczyny MIZS. Badania eksperymentalne wykazały, że objawy reumatyczne mogą zapoczątkować niektóre zmutowane wirusy.