Wśród dużej liczby nagród, wyróżnień i zaszczytów, na szczególną uwagę zasługuje Koussevitzky Music Foundation Commission award – prestiżowa nagroda będąca równocześnie zamówieniem Fundacji na skomponowanie utworu, która została przyznana Gubajdulinie w 2010. Wśród laureatów tej nagrody byli tacy wybitni kompozytorzy, jak Igor Strawinski, Béla Bartók, Benjamin Britten, Aaron Copland, John Cage i John Adams.
Twórczość Należała do najbardziej wyróżniających się kompozytorów rosyjskich jej pokolenia. W swoich kompozycjach wykorzystywała bardzo zróżnicowanie środki skonstruowane na całkiem odmiennych zasadach, celowo je ze sobą kontrastując, na przykład zagęszczoną chromatykę zestawiając z czystą diatoniką, minimalistyczne ostinata z pochodami klastrów. Dzięki takim zabiegom osiągnęła indywidualnie traktowaną dramaturgię swoich dzieł.
Gubajdulina była jedynym rosyjskim kompozytorem po Aleksandrze Skriabinie, eksperymentującym ze światłem i kolorem wprowadzonym do partytury muzycznej. W Alleluja (1990) opracowała nowy system relacji między kolorem a muzyką, różniący się od systemu stosowanego przez Skriabina. W Skriabina kolory są przedmiotem trwałej zmiany, ponieważ każda nuta współdziała z określonym kolorem.