W Alleluja Gubajduliny każdy wprowadzony kolor jest trwały i zmienia jedynie swoją intensywność, zgodnie z dynamiką utworu (crescendo, diminuendo). Gwałtowna zmiana koloru – jako potężny środek wyrazu – jest wykorzystywana tylko raz, w części 6. w scenie Apokalipsy. W systemie Gubajduliny kolory odgrywają ważną konstruktywną rolę, organizującą formę muzyczną. Wprowadzając każdy kolor w proporcjach określonych procentowo, Gubajdulina ekstrapolowała te proporcje w muzyce.
Swoim utworom instrumentalnym nadawała symboliczne tytuły, jak na przykład w skomponowanym dla Gidona Kremera koncercie skrzypcowym Offertorium (1980), w którym jako cytat wprowadza temat z Musikalisches Opfer Bacha w rozbitej punktualistycznie instrumentacji. W jej muzyce wyczuwalne są intensywne wpływy mistycznych tradycji religijnych, w szczególności prawosławia.