Ostatecznie Polonia okazała się rewelacją rozgrywek i ukończyła je na 6. miejscu. Zespół nie otrzymał jednak licencji na grę w ekstraklasie.
Jagiellonia Białystok Sezon 2013/2014 Po degradacji zespołu za zaległości finansowe, Stokowiec został trenerem Jagiellonii Białystok. Białostocką drużynę doprowadził do 1/2 finału Pucharu Polski. W wyniku jednak słabych wyników w Ekstraklasie czego dopełnieniem była przegrana Jagiellonii na wyjeździe z Lechem Poznań 1:6 został zwolniony ze stanowiska trenera drużyny z dniem 7 kwietnia 2014 roku.
Zagłebie Lubin Sezon 2013/2014 Od 12 maja 2014 pracował w Zagłębiu Lubin. Zespół przejął na 4 kolejki przed końcem rozgrywek, gdy ten znajdował się w strefie spadkowej i nie zdołał zdobyć z zespołem punktów, ale zaczął ogrywać młodych zawodników. Sezon 2014/2015 Sezon 2014/15 zaczął z klubem w rozgrywkach I ligi, które następnie wygrał i tym samym uzyskał awans do Ekstraklasy. Sezon 2015/2016 Rok później Stokowiec poprowadził Zagłębie do pierwszego w swojej karierze trenerskiej medalu, który Miedziowi otrzymali za zajęcie trzeciego miejsce w najwyższej polskiej klasy rozgrywkowej. Ligowe podium oznaczało awans do eliminacji Ligi Europy.