Był to pierwszy przypadek od roku 1997, kiedy beniaminek ekstraklasy uzyskał awans do europejskich pucharów. Sezon 2016/2017 W następnym sezonie w I rundy kwalifikacyjnej Ligi Europy wyeliminował bułgarską Sławią Sofia. W II rundzie jego zespół bardzo niespodziewanie wyeliminował po rzutach karnych serbski Partizanem Belgrad. W III rundzie kwalifikacyjnej Zagłębie przegrało w dwumeczu 2:3 z duńskim SønderjyskE Fodbold. W lidze drużyna, mimo dobrego początku, nie awansowała do grupy mistrzowskiej. Na pocieszenie ekipa wygrała grupę spadkową i uplasowała się ostatecznie na 9. miejscu w Ekstraklasie. Sezon 2017/2018 Sezon 2017/2018 znów zaczął się świetnie dla Zagłębia. Po 13 kolejkach drużyna była na 3. miejscu w ekstraklasie mając tyle samo punktów co ówczesny lider, Lech Poznań. Następnie Zagłębie zanotowało serię 5 meczów bez zwycięstwa i Stokowiec został odwołany ze swojej funkcji 27 listopada 2017 roku.