Lechia Gdańsk Sezon 2017/2018 5 marca 2018 został trenerem Lechii Gdańsk. W sezonie 2017/2018 zdołał wykonać powierzone mu zadanie utrzymania zespołu w ekstraklasie. Sezon 2018/2019 Sezon 2018/2019 okazał się póki co najlepszym w karierze Stokowca. Zajął on z Lechią, która dopiero co walczyła o utrzymanie, 3. miejsce w ekstraklasie, co więcej, drużyna zepewniła je sobie na kilka kolejek przed końcem, a przez 18 kolejek z rzędu była liderem. Jeszcze większym sukcesem okazały się występy w Pucharze Polski, który Lechia wygrała pokonując w finale na Stadionie Narodowym w Warszawie Jagiellonię Białystok 1:0. Puchar zapewnił start w II rundzie eliminacyjnej Ligi Europy. Skalę osiągnięcia podkreśla to, że klub borykał się z dużymi problemami finansowymi. Niektórzy piłkarze mieli kilkumiesięczne zaległości w wypłatach, nie było też możliwości wykonania transferów w przerwie zimowej przez co, podobnie jak 6 lat wcześniej w Polonii, drużyna w dużej mierze opierała się na młodych zawodnikach, na których szkoleniowiec nie wahał się stawiać. Sezon 2019/2020 Na początku sezonu 2019/20 wygrał Superpuchar Polski, stając się tym samym najbardziej utytułowanym szkoleniowcem w historii Lechii Gdańsk.