W czasie okupacji Felicja Kruszewska przebywała w Warszawie. Pracowała nadal w Kasie im. Mianowskiego. Uczestniczyła prawdopodobnie w konspiracyjnej działalności tej organizacji, a poza tym zaangażowała się w działalność Armii Krajowej jako kolporterka podziemnej prasy. W 1940 przeżyła kolejną rodzinną tragedię – w Katyniu został zamordowany jej najmłodszy brat, Bohdan, którego dekadę wcześniej sportretowała w Braciszku. W 1942 zmarł na gruźlicę ukochany siostrzeniec Kruszewskiej dziesięcioletni Witold Wróblewski. W marcu 1943 poetka otrzymała nakaz wyjazdu z Warszawy, przekazany jej przez kierownictwo ruchu oporu, gdyż poszukiwało ją gestapo. 19 marca jechała pociągiem w stronę Krakowa. Na stacji w Radomiu wypędzono pasażerów pociągu na plac przed urzędem pracy. Chcąc uniknąć aresztowania, Kruszewska zażyła truciznę. Zmarła tego samego dnia.