Organizacja samorządu Mrągowa była podobna do organizacji samorządów innych miast lokowanych na prawie chełmińskim. Na czele stał burmistrz, wymieniony po raz pierwszy w 1444 roku, wraz z radą złożoną z sześciu rajców. Sądownictwo miejskie sprawowała ława złożona z sześciu ławników z sędzią miejskim na czele.
Przywilej lokacyjny przewidywał planowaną zabudowę miasta, które przybrało kształt wydłużonego prostokąta z powodu trudnych warunków geograficznych (jeziora i bagna). Główną arterią komunikacyjną była nadal droga z południa na północ. Przebiegała ona liczącym 240 m odcinkiem między bramami miejskimi. Dostępu do miasta broniły trzy bramy: od południa Brama Szczycieńska, od północy Brama Kętrzyńska, a od zachodu Brama Biskupiecka. Miasto nigdy nie posiadało murów miejskich, zastępowały je głębokie fosy wypełnione wodą oraz wał ziemny. W centrum znajdował się kwadratowy rynek z ratuszem pośrodku. Z narożników rynku wybiegały ulice wylotowe. W pobliżu rynku znajdował się kościół parafialny, który istniał od 1409 roku, prawdopodobnie drewniany na kamiennym fundamencie. Proboszczem parafii był w 1485 roku ksiądz Stanisław, niewątpliwie Polak. W pobliżu miasta znajdowała się kaplica św. Jerzego należąca do braci zakonnych.