Wojna z Polską przyniosła Krzyżakom wiele strat. Albrecht Hohenzollern przyjął luteranizm, a zakon został rozwiązany. Na gruzach państwa zakonnego powstało świeckie państwo pruskie. Mrągowo i okoliczne wsie były całkowicie zniszczone. Nie wiadomo jak długo utrzymywałby się taki stan rzeczy, gdyby nie groźna choroba zakaźna, tzw. angielski pot, która latem 1527 roku zmusiła księcia Albrechta do opuszczenia stolicy w Królewcu i schronienia się wraz z rodziną na Mazurach. Albrecht po drodze trafił do zniszczonego Mrągowa. 17 września 1527 roku książę pruski nadał miastu prawo do odbywania w każdą sobotę miesiąca cotygodniowych „targów pod rozwiniętą chorągwią” w celu złagodzenia szkód wyrządzonych podczas wojny. Ponadto zezwolił na przełożenie corocznego jarmarku, zwanego jarmarkiem św. Marcina z 11 listopada na bardziej dogodny dla Mrągowa termin 6 grudnia. Odtąd jarmark nazwano jarmarkiem św. Mikołaja. Nowa wiara luterańska zyskała swych orędowników i w Mrągowie. Nie zabrakło też i przeciwników reformacji. W wyniku reformacji parafię w Mrągowie przyłączono do archidiakonatu w Kętrzynie.