Trudną sytuację gospodarczą Mrągowa pogorszył pożar, który wybuchł w nocy 28 października 1568 roku. Miasto spłonęło doszczętnie. Ogień strawił nie tylko stare budynki ocalałe od pożaru z 1520 roku, ale także i nowe wybudowane w ostatnim pięćdziesięcioleciu. Rząd księstwa starał się pomóc miastu. Jednak stały wzrost danin i świadczeń na rzecz księstwa pruskiego i kościoła, oburzał mrągowian zwłaszcza po pożarze. Dlatego w 1592 roku burmistrz, rajcy i gmina wnieśli skargę do księcia w sprawie zawyżonych żądaniach podatkowych. Rząd wezwał starostę Szestna Ottona von Etzella w celu złożenia wyjaśnień. Starosta nie potrafił tego wyjaśnić i stwierdził tylko, że mrągowianie nie powinni takimi błahymi sprawami zawracać głowy księciu. Ostatecznie sprawę załatwiono połowicznie. Zniesiono czynsz za bagna, a wysoki czynsz za jezioro Czos utrzymywano.
Pod koniec XVI wieku głównym źródłem utrzymania ludności Mrągowa było rolnictwo, a szczególności hodowla bydła. Rzemiosło w tych czasach nie odgrywało jeszcze ważnej roli w gospodarce miasta. Dalszy rozwój gospodarczy miasta przerwało przyłączenie się Prus Książęcych do II wojny północnej.