Finansowanie Instytut Wschodni opierał swój budżet w znacznej mierze o dotacje ministerialne i sztabowe. Dochody uzyskiwane z własnej działalności, prac zleconych oraz darowizn stanowiły znikomą część wpływów. Bez wątpienia funkcjonowanie placówki w określonych realiach politycznych i gospodarczych nie byłoby możliwe bez stałego finansowego wsparcia Ministerstwa Spraw Zagranicznych PR i Sztabu Głównego WP. Jednakże co należy podkreślić, większość tych środków przeznaczana była na realizację wyznaczonych zadań politycznych. W tej mierze priorytetem objęto aktywizację prac o charakterze prometejskim, które stanowiły jeden z zasadniczych filarów wschodniej polityki zagranicznej obozu belwederskiego (sanacji). Nasilający się proces upolitycznienia Instytutu Wschodniego zniekształcał cele wytyczone przez jego twórców. Założona na wstępie koncepcja równowagi pomiędzy działalnością naukowo-dydaktyczną a realizacją celów politycznych została wyraźnie zakłócona. Tendencje te uległy natężeniu w drugiej połowie lat trzydziestych, kiedy to zaznaczył się okres wyraźnego impasu aktywizacji prac Instytutu Wschodniego.