Reorganizacja Kryzys w łonie sanacji wywołany śmiercią marszałka Piłsudskiego, odsunięcie od władzy „grupy pułkowników”, brak zrozumienia dla poglądów prometejskich wykazywany przez nowe siły dyspozycyjne w obozie rządzącym odgrywały w tym przypadku decydujące znaczenie. Przesilenie polityczne odbiło się negatywnie na sytuacji materialnej placówki: „Wskutek zmniejszonych kredytów na te cele (prace prometejskie) uległy likwidacji niektóre placówki i wydawnictwa, przy czym najdotkliwiej odczuło się to na odcinku prac tajnych – łączności z krajami prometejskimi”. W dalszej działalności prometejskiej nastąpiła ewolucja uwzględniająca natężenie działań wywiadowczo-dywersyjnych kosztem lansowanego dotychczas bezinteresownego poparcia na rzecz „narodów zniewolonych”. Nowe plany reorganizacji Instytutu uwzględniały nasilenie prac o charakterze politycznym przy jednoczesnym odstąpieniu od prowadzonej dotąd działalności dydaktyczno-naukowej. Likwidacja Szkoły Wschodoznawczej oraz pozbawienie stanowisk kierowniczych krytykujących posunięcia władz RP działaczy Instytutu, stanowiły w dziejach placówki nową cezurę chronologiczną. Okres ten trwał niepełna pół roku. Zakończył go wybuch wojny w 1939 r.