Pojmany przez władze pruskie Dziekoński podjął dramatyczną decyzję: zeznał, że nie jest Polakiem. Dzięki naprędce sfingowanemu życiorysowi oraz nie najgorszej znajomości języka niemieckiego otrzymał możliwość podjęcia studiów w Królewcu.
Edukacja w Prusach nie trwała jednak długo. Prawdopodobnie w 1832 został zwolniony z uczelni, czego powodem było zabicie przeciwnika podczas honorowego pojedynku. Co prawda Dziekoński narażał się władzom oświaty już wcześniej, kiedy to posądzano go o jakieś trudne dziś do zweryfikowania przestępstwa, aresztowano, ostatecznie jednak oczyszczając go z zarzutów z powodu braku wystarczających dowodów. Tym razem nie obyło się bez kary. Został uwięziony, zwolniony zaś w 1833 z powodu amnestii. Natychmiast opuścił wówczas Prusy, by starać się o przyjęcie na fakultet medyczny w Dorpacie. Dzięki staraniom wpływowego ojca, przyszłego pisarza, wiosna 1839 przyniosła pomyślny rezultat tych zamierzeń.