Gubernator przedstawił trzy żądania: przyznania praw wyborczych cudzoziemcom prowadzenia obrad transwalskiego parlamentu w języku angielskim przedstawiania wszystkich ustaw transwalskiego parlamentu do zatwierdzania władzom brytyjskim
Zgodnie z oczekiwaniami Milnera Kruger odrzucił żądania i wyjechał z konferencji ze łzami w oczach. Wszystkie negocjacje zostały zerwane. 11 października 1899 r. Wielka Brytania wypowiedziała wojnę burskim republikom.
II wojna burska Po wybuchu wojny Milner nie przejął osobiście dowodzenia, ale starał się wywierać wpływ na decyzje dowódców. W 1901 r., kiedy większość terytoriów republik burskich znajdowała się pod kontrolą Brytyjczyków, Milnerowi powierzono zorganizowanie brytyjskiej administracji cywilnej na podbitych terytoriach. W związku z tym zrezygnował on w lutym 1901 r. z funkcji gubernatora Kolonii Przylądkowej, ale pozostał na stanowisku Wysokiego Komisarza. Na podległych sobie ziemiach utrzymywał sieć obozów koncentracyjnych dla cywilnej ludności burskiej i ludności tubylczej. Szacuje się, że zmarło w nich ok. 40 000 ludzi.