Stanisława w stroju pontyfikalnym wskrzeszającego Piotrowina. 1950 – zaczęły się prace konserwatorskie polegające na odnowieniu fasady, oczyszczeniu kościoła, założeniu nowych tynków. Uporządkowany został plac przed kościołem i klasztorem, odnowiono groby zasłużonych, jak i brakujące detale. 1971 – Jan Strojny wraz z Janem Nawałką odnowili dekoracje stiukową. 1979 – do kościoła przybył papież Jan Paweł II, by spotkać się z intelektualistami Krakowa i odbyć rozmowę z młodzieżą. 1981 – popiersie Jana Pawła II zostało odsłonięte obok ołtarza w kaplicy Matki Boskiej Częstochowskiej. 1983–1984 – gruntownej renowacji poddano XVIII-wieczne organy. Były one wówczas jednym z najpiękniejszych instrumentów w Krakowie i stanowiły wyjątkowo piękny prospekt o bogatej dekoracji motywów. 1978–1984 w latach przeoratu ojca Stanisława Turka do kościoła przybywały dwa posągi św. Kazimierza i królowej Jadwigi wykonane przez Adama Wojnara. firma Truszczyńskich dokonała rekonstrukcji i rozbudowy organów. firma Felczyńskich wykonała trzy nowe dzwony. 1993–2002 w latach przeoratu ojców Zygmunta Oklińskiego i Jana Mazura dokonano gruntownej renowacji elewacji kościoła. 2005 – Kościół na Skałce otrzymał tytuł Bazyliki Mniejszej. Był to dar papieża upamiętniający 750-lecie kanonizacji św. Stanisława, biskupa i męczennika.