Papież wydał z tej okazji list „Beatum Stanislaum”, zaś na krakowskie uroczystości rocznicowe wysłał jako swojego legata kardynała Józefa Ratzingera, późniejszego papieża Benedykta XVI. 2008 – na dziedzińcu koło kościoła 8 maja kardynał Stanisław Dziwisz poświęcił Ołtarz Trzech Tysiącleci
Przebudowa kościoła 1732 – narodził się projekt przebudowy gotyckiego kościoła. 31 marca 1733 – paulini zawarli kontrakt z cieślą Matyjaszem Mieradzkim, który zobowiązał się rozebrać więźbę dzwonnicy i spuścić zeń dzwony. Później, 23 kwietnia zawarta zostaje druga umowa z Mieradzkim oraz Sebastianem Plichem w celu zburzeniu w ciągu tygodnia całego kościoła aż po fundamenty„Kościół skałecki z kominem i fortą oraz i wszystkimi murami oraz po sam klasztor obalić i z gruntu zburzyć z tym jednak dokładem, że ciż sami wyznamienieni powinni zburzyć po sam mur kamienny, to jest po same fundamenta(..)”.. Równocześnie prowincjonał Anastazy Kiedrzyński i przeor Celestyn Obiegłowicz zawierają umowę z architektem Antonim Gerhardem Müntzerem z Brzegu na Śląsku na budowę kościoła na Skałce. Uzgadniają, że Müntzer będzie osobiście prowadził budowę, dobierając wedle woli pomocników i murarzy. Nieokreślony zostaje przy tym termin zakończenia prac. 1733–1738 Müntzer rozpoczął prace. Nazwany „architektem fabryki kościoła św.