Ślady zasiedlenia w Uruk zaczynają pojawiać się ponownie 250–300 lat później (ok. 1450 r. p.n.e.). Kasycki władca Kara-indasz wzniósł małą świątynię poświęconą Inanie we wschodniej części obszaru z ziguratem. W niszach w ścianach świątyni umieszczone zostały wykonane z modelowanych cegieł przedstawienia górskich bóstw i bogiń. Wydaje się, że zamieszkana była wówczas jedynie południowa część miasta. Ślady zasiedlenia z okresu panowania II dynastii z Isin odkryto jedynie na obszarze E-any. W 1 połowie I tys. p.n.e. ponownie rozpoczęły się intensywne prace budowlane w E-ana, prowadzone zarówno przez władców nowoasyryjskich, jak i nowobabilońskich (np. Sargon II wzniósł nowy mur temenosu wokół dzielnicy z ziguratem i odnowił sam zigurat).
Okres panowania Achemenidów był kontynuacją późnobabilońskiej kultury, która w okresie panowania Seleukidów rozkwitła ponownie pomimo wpływów hellenistycznych, nim przestała istnieć w okresie partyjskim. Wydaje się, że za panowania Seleukidów miastem Uruk rządziło trzech władców. Imię pierwszego nie jest znane, pozostali nosili babilońsko-greckie imiona: Anu-uballit Nikarchos i Anu-uballit Kefalon. Odbudowa ziguratu w E-anie i olbrzymiego ceglanego tarasu (210 × 200 m.) we wschodniej części miasta są przypisywane pierwszemu władcy.