23 maja 1971 r. zginął wracając z Londynu, wraz z żoną i córką, w katastrofie lotniczej na lotnisku Rijeka. Pochówek odbył się 31 maja, przy licznym udziale przyjaciół, znajomych oraz czytelników, na cmentarzu w Slime. Tragiczna śmierć poety wstrząsnęła chorwackim kręgiem kulturowym, który opłakiwał wydarzenie jako poważną stratę narodową. W 1971 r., po śmierci autora, ukazał się ostatni zbiór wierszy jego autorstwa pt. Moj križ svejedno gori.

Poezja Nawiązując do modeli lirycznych chorwackiego ekspresjonizmu, Pupačić podejmował tematykę dzieciństwa, rodzimego pejzażu i relacji emocjonalnych, a także tradycji rodzimego folkloru. Liryka poety wyróżniała się syntezą nowoczesnej wrażliwości i tradycyjnych form poetyckich. Dwa pierwsze tomy poezji obfitują w barwne krajobrazy, hymny do natury, miłości i życia. Trzeci zbiór, Ustoličenje (1965), utrzymany jest w zupełnie innym charakterze niż dwa poprzednie. Pupačić nawiązuje do stylistyki Preobraženja Antuna Branko Šimića, a jego ekspresja staje się bardziej abstrakcyjna z wyraźną tendencją do okraszania przedstawianego podmiotu w uniwersalne znaczenia i treści metafizyczne. Motywy snu, ciszy, pokoju i choroby ubiera w krótkie, eliptyczne zdania.