Przez kolejnych sześć lat udało mu się wyprowadzić kraj z chaosu. Stworzone zostały podstawy administracji, zaprowadzono ład i porządek. Oprócz tego udało się zbudować od podstaw marynarkę wojenną, a także poprowadzić ekspedycję przeciwko rojalistom do Peru.

O’Higgins nie był jednak biegły w zawiłościach polityki. W 1820 r. zniechęcił do siebie Kościół katolicki oraz arystokrację przeprowadzanymi przez siebie reformami. Później odwrócił się także od środowiska finansistów i przedsiębiorców. O’Higgins nie rozumiał, jak ważne jest posiadanie własnego zaplecza politycznego. Jego władza opierała się głównie na prestiżu wielkiego dowódcy i stratega w obliczu zagrożenia zewnętrznego. Wraz z tym, jak groźba wojny mijała, słabła też jego władza. O’Higgins opowiadał się za argentyńską koncepcją „niepodległości całego kontynentu”, jednak w 1823 r. musiał ustąpić pod presją ze stanowiska, co było także wynikiem rosnącego chilijskiego nacjonalizmu.