Na początku 1813 r. został uchwalona konstytucja Chile i wydawało się, że rewolucjoniści zdołają opanować sytuację i uda się uniknąć groźby wojny domowej. Jednak w 1814 r. wicekról Peru udzielił poparcia próbom odzyskania Chile dla Hiszpanii. W ciągu zaledwie kilku miesięcy O’Higgins awansował ze stopnia pułkownika lokalnej milicji na głównodowodzącego armii. Niedługo potem został także mianowany gubernatorem prowincji Concepción, w której miały miejsce główne walki. Jednak walki przyjęły niepomyślny obrót dla Chilijczyków, a O’Higgins został zdymisjonowany. W październiku 1814 r. pod Rancagua odbyło się decydujące starcie, które wygrała armia interwencyjna z Peru. Przez następne trzy lata kraj był okupowany przez rojalistów.
Kilka tysięcy powstańców razem z O’Higginsem musiało uciekać poprzez Andy do Argentyny. O’Higgins spędził ten okres na wygnaniu, przygotowując się do odzyskania Chile z rąk Hiszpanów. W styczniu 1817 r. wrócił do kraju razem z argentyńskim generałem José de San Martínem, prowadzili oni ze sobą armię złożoną z chilijskich uciekinierów i Argentyńczyków. 12 lutego 1817 r. Hiszpanie ponieśli porażkę w bitwie pod Chacabuco, w wyniku tego większa część Chile została oswobodzona. O’Higgins natomiast został obrany tymczasowym dyktatorem państwa.