W rzeczywistości evangeliony pochodzą od aniołów: jednostki 00, 02, 03 i 04 zostały stworzone z Adama, zaś jednostka 01 z Lilith. Mechaniczne części, które nałożono na evy, służą m.in. ich kontrolowaniu. Mimo to zdarza się, iż eva-00 i eva-01 dostają szału – wpadają w tryb berserk, pozostając tym samym poza czyjąkolwiek kontrolą.
Każda eva posiada jednego przeznaczonego jej pilota, który musi się z nią zsynchronizować. Im wyższy stopień synchronizacji, tym większą kontrolę nad evangelionem posiada pilot. Shinjiemu przypisano jednostkę 01, gdyż zawiera ona duszę jego matki, Yui Ikari, co w znacznym stopniu ułatwia synchronizację. Inne evangeliony także posiadają dusze (np. Asuka twierdzi w The End of Evangelion, że czuje obecność swej matki chroniącej ją w evie), nie wiadomo jednak, jakich dokładnie osób.
W 2015 roku Shinji na polecenie Gendō przybywa do Tokio-3. Jego przyjazd pokrywa się z atakiem Sachiela, jednak dopiero w siedzibie NERV-u chłopak dowiaduje się, iż ma zostać pilotem evy-01. Poznaje Rei Ayanami obsługującą jednostkę 00 i Major Misato Katsuragi, z którą ostatecznie zamieszka. W ósmym odcinku dołącza do nich Asuka, która wraz ze swym evangelionem przybyła z Niemiec.