Prawdziwą przyczynę eksplozji zatajono, oficjalnie uzasadniając ją upadkiem na Antarktydę meteorytu poruszającego się z prędkością zbliżoną do prędkości światła.
W konflikcie z aniołami ludzkość reprezentują dwie organizacje: GEHIRN (w 2010 roku przemianowana na NERV) oraz SEELE. NERV pozostaje pod kontrolą SEELE i oprócz obrony Ziemi przed atakami aniołów ma za zadanie przeprowadzić Projekt Dopełnienia Ludzkości. W 2004 roku ginie Yui, żona komendanta Ikariego, który od tej pory, pod przykrywką NERV-u i w tajemnicy przed SEELE, realizuje własną wizję Dopełnienia.
Do obrony Ziemi NERV wykorzystuje evangeliony – masywne humanoidalne bioroboty, które mogą pilotować tylko dzieci poczęte po Second Impact. Piloci wybierani są przez Organizację Marduka, którą – jak się potem okazuje – tworzy sto osiem fikcyjnych przedsiębiorstw, zaś właściwej selekcji pilotów dokonują komendant Gendō Ikari i Ritsuko Akagi. W miarę upływu czasu wychodzi również na jaw, iż evangeliony są – wbrew powszechnemu przekonaniu – żyjącymi, biomechanicznymi organizmami, a nie zwykłymi „robotami”. Ritsuko początkowo wspomina, że evy posiadają trochę biologicznych komponentów, jednak nie określa zakresu, w jakim części te zostały użyte.