W 1893 roku Sokołowski przejął po Łepkowskim stanowisko dyrektora Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie, a także kierownictwo Muzeum Sztuki i Archeologii (wcześniej – Gabinet Archeologii Uniwersytetu). Od 1887 był członkiem korespondentem wiedeńskiej Ck Komisji centralnej do badania i konserwacji zabytków sztuki i pomników historycznych (), w grudniu 1889 zostaje obrany zastępcą przewodniczącego Grona Konserwatorów Galicji Zachodniej, zaś 13 marca 1894 – jego przewodniczącym (zastępcą został wówczas Stanisław Tomkowicz). W tym czasie Sokołowski przyczynił się walnie w organizacji wielkich przedsięwzięć wystawienniczych w Krakowie – Wystawy Obrazów Dawnych Mistrzów (1892), ekspozycji zabytków z czasów Jana III Sobieskiego (1883) i Wystawy Starożytności we Lwowie (1894). W 1894 roku został członkiem czynnym Moskiewskiego Towarzystwa Archeologicznego. Był też członkiem honorowym Towarzystwa Przyjaciół Sztuk Pięknych. Po śmierci Jana Matejki był jednym z założycieli towarzystwa imienia malarza, twórcą Towarzystwa im.