Jana Matejki, a tym samym muzeum Artysty, które otwarto w Krakowie 6 marca 1898 roku. thumb|240px|Grób Mariana Sokołowskiego w Krakowie Wiedza Sokołowskiego, opublikowany dorobek naukowy (200 prac ogłoszonych drukiem), a także wybitne osiągnięcia badawcze zapewniły mu członkostwo Rady Artystycznej Ministerstwa Sztuki i Nauki w Wiedniu, Towarzystwa Archeologicznego w Moskwie, Towarzystwa Badaczy Historii Sztuki we Wrocławiu, Instytutu Archeologicznego w Wiedniu, Towarzystwa Starożytności „Prusssia” w Królewcu, Akademii Nauk w Petersburgu oraz Pradze.
Działalność uniwersytecka i społeczna profesora znalazła uznanie w postaci nominacji na radcę dworu wiedeńskiego (1901), nadaniu mu austriackiego Krzyża Kawalerskiego Orderu Leopolda (1890), włoskiego Krzyża Komandorskiego Orderu Korony i austriackiej Odznaki Honorowej za Dzieła Sztuki i Umiejętności „Litteris et Artibus” (1909). W 1902 roku Akademia umiejętności wyróżniła go nagrodą im. Probusa Barczewskiego za „Studya do historyi rzeźby w Polsce w XV i XVI wieku” (1901).