Najprawdopodobniej przypadkowo jeden z przechodniów, heteroseksualny muzyk Dave van Ronk, został schwytany przez policjantów, a następnie zaciągnięty do środka baru, gdzie był bity. Funkcjonariusze zabarykadowali od środka drzwi lokalu. Doszło do wybuchu gniewu i agresji wśród tłumu. Gdy próbowano wedrzeć się do środka, policjanci odbezpieczyli broń i zagrozili jej użyciem krzycząc Zastrzelimy pierwszego gnoja, który przekroczy drzwi!. Hałas ściągnął pod lokal osoby z innych okolicznych pubów i mieszkańców Greenwich Village. Tłum osiągnął liczbę ok. 1000 osób. Najbardziej agresywna część tłumu wyrwała licznik parkingowy i próbowała posłużyć się nim jako taranem. Usiłowano także podpalić drzwi.
Po 45 minutach posiłki policyjne uwolniły zabarykadowanych funkcjonariuszy, co kosztowało ich czterech rannych. Ranni byli również po stronie tłumu. Aresztowano w sumie 13 uczestników zajścia. Na ulicach wybuchły jednak zamieszki, które trwały do późna w nocy. Do rana cała ulica była wymazana na ścianach napisami Support gay power!, Drag power!, They invaded our rights, Gay is good. Na zabitym deskami oknie „Stonewall Inn” widniał napis Gay power!.