Wieczorem następnego dnia ponownie doszło do zamieszek z udziałem ponad 2000 osób. W całej okolicy wybuchały pożary. Do rozpędzania tłumu skierowano 400 policjantów ze specjalnych jednostek porządkowych. Starcia z policją trwały do 4 rano. Zamieszki w mniejszym zakresie wybuchały również w kolejnych dniach. W nocy z 2 na 3 lipca do rozpędzenia tłumu użyto specjalnych jednostek porządkowych i ciężkiego sprzętu. Wybuchło kilka pożarów„The New Your Times”, 3 lipca 1969..
Był to pierwszy wspólny opór grupy większej liczby osób homoseksualnych przeciwko sposobowi traktowania ich przez ówczesne władze.
Konsekwencje thumb|left|Amerykański policjant ze swoim partnerem podczas Christopher Street Day w San Francisco, 36 lat po zamieszkach w Stonewall|alt= mały|Pub Stonewall w 2016 roku, dzień po ogłoszeniu przez prezydenta Obamę Stonewall pomnikiem narodowym i niecałe dwa tygodnie po nocnej strzelaninie w Orlando. Mimo że bunt w Greenwich Village nie miał żadnych dających się wskazać przywódców, podziałał mobilizująco na całą społeczność LGBT w Stanach Zjednoczonych i skłonił do okazania jawnego oporu. W kilka dni po zamieszkach na placu Waszyngtona zorganizowano pierwszy wiec „Gay Power”. Miesiąc później powstał w Nowym Jorku Gay Liberation Front (Front Wyzwolenia Gejów).