Wkrótce Sonic zostaje zaatakowany przez nieznanego białego jeża (Silvera), który, jak się później okazuje, przybył z przyszłości, aby powstrzymać Wyzwoliciela Iblisa (ang. Iblis Trigger), który sprowadzi na świat zagładę. Korzystając z zamieszania Eggman ponownie więzi Elise. Gdy Silver zamierza zadać Sonicowi ostateczny cios, nagle pojawia się Amy, która chroni go własnym ciałem. Sonic postanawia nie tracić czasu i rusza w pogoń za Eggmanem. Wkrótce dołączają do niego Tails wraz z Knucklesem. Cała trójka udaje się do bazy Eggmana, Białego Akropolu (ang. White Acropolis), gdzie ma nastąpić wymiana Elise za Szmaragd Chaosu. Okazuje się, że oprócz zdobycia Szmaragdu Eggman przenosi bohaterów do przyszłości.
Tam Sonic, Tails i Knuckles spotykają Shadowa i Rouge (podobnie jak uczynili w Sonic Heroes), którzy postanawiają odnaleźć Szmaragdy Chaosu i wywołać kontrolę chaosu, która pozwoliłaby im na powrót do teraźniejszości. Po powrocie Sonic, Tails i Knuckles dowiadują się, że statek Eggmana, w którym uwięziona była Elise, rozbił się i eksplodował. Trójka spotyka się raz jeszcze z Shadowem i Rouge, którzy przeprowadzają kolejną kontrolę chaosu umożliwiając Sonicowi, Tailsowi i Knucklesowi na przeniesienie się w dzień śmierci księżniczki.