Tuż po jej uratowaniu, Sonic zostaje ponownie zaatakowany przez Silvera. Podczas walki Elise zostaje porwana po raz trzeci, a Sonica tym razem wybawia z opresji Shadow. Po ponownym ocaleniu księżniczki Sonic zbiega z nią do dżungli, co rozsierdza Eggmana, który grozi, że zniszczy Soleannę, jeśli Elise się nie podda. Nieświadoma niebezpieczeństwa wychodzi mu naprzeciw stając się po raz kolejny zakładniczką. Gdy Sonic dociera na miejsce, jest już za późno statek ulega zniszczeniu, a Elise i Eggman giną. Korzystając tym razem z pomocy Silvera, Sonic przeprowadzając jeszcze jedną kontrolę chaosu cofa się w czasie, co umożliwia mu uratowanie Elise, sam Eggman również wychodzi bez szwanku.
Shadow Shadow postanawia zapomnieć o przeszłości i rozpoczyna nowe życie jako członek GUN, pochodził z gry Shadow the Hedgehog. Jego opowieść zaczyna się w momencie, gdy ma odnaleźć Rouge długo pozostającą bez kontaktu, która otrzymała wcześniej zadanie wykradnięcia berła ciemności z bazy Eggmana. Shadow zakradłszy się do bazy odnajduje Rouge, której misja zakończyła się powodzeniem. Razem uciekają do Doliny Królestwa (ang. Kingdom Valley) – dawnego zamku królów Soleanny, gdzie napotykają ścigającego ich Eggmana.